免费的论文查重工具在识别引用文献方面主要通过检测文中的引用标注、引用格式、文献来源等方式进行识别。首先，查重工具会分析文中的引用标注，如数字编号、作者姓氏、年份等信息，然后与其数据库中的文献信息进行比对。其次，工具还会关注引用格式，例如APA、MLA等，以识别文中的引用文献。此外，查重工具还会根据文献来源进行比对，判断文中引用的文献是否合法、可信。综合利用这些方法，免费的论文查重工具能够准确识别引用文献。

此外，免费的论文查重工具还会利用文本相似度比对技术来识别引用文献。通过比对文中内容与其数据库中文献的相似度，工具可以判断文中是否存在引用文献。同时，查重工具还会检测文中的引文格式、引文词语等特征，辅助识别引用文献。除此之外，一些高级的查重工具还会结合人工智能技术，如自然语言处理、机器学习等，提高对引用文献的识别准确度。通过不断优化算法和技术手段，免费的论文查重工具在识别引用文献方面的准确性和效率得到了提升。