论文查重免费版与商业版的区别主要体现在功能、准确性和服务上。免费版通常功能较为简单，查重准确性不如商业版高，而商业版则提供更多功能，查重准确率更高。此外，商业版通常提供更好的售后服务和技术支持，能够更好地满足用户的需求。因此，如果对查重要求较高，建议选择商业版；如果仅需简单查重，免费版也能满足基本需求。

在选择论文查重工具时，需要根据自身需求和预算来决定是否选择免费版还是商业版。免费版适合对查重要求不高，预算有限的用户；商业版则适合对查重要求较高，愿意投入一定费用获得更好服务的用户。综合考虑功能、准确性和服务三个方面，选择最适合自己的版本，以确保论文查重的效果和质量。