论文查重免费版与专业版的主要差异在于功能和准确性。免费版通常提供基本查重功能，覆盖范围有限，准确性较低，而专业版则具有更全面的查重功能，能够检测更多类型的抄袭行为，准确性更高。此外，专业版通常还提供更多的定制化服务和支持，能够更好地满足用户的需求。因此，如果对论文查重结果的准确性和全面性有较高要求，建议选择专业版。

另外，免费版与专业版在检测速度和使用限制方面也存在差异。免费版通常会有查重次数限制或文件大小限制，检测速度可能较慢，而专业版则通常能够提供更快速的检测速度和更大的文件容量支持，更适合处理大批量或大容量的论文。因此，根据自身需求和预算，选择合适的版本进行论文查重是非常重要的。